Buenas noches tengo mas de 17 años de experiencia en el area de programacion, soy TSU en Infomatica e Ingeniero en Sistemas, debo ante todo aclarar 2 cosas plataforma os y la integracion de datos en la BD original puede ser un problema, la base de datos entiendo q ustedes la manejan en un entorno local para exportarlas a un servidor en la nube, partiendo de alli que manejador de bd estan usando, estan usando un servidor directo linux con terminales en ambiente windows en cada local? o son terminales todas con linux que cargan el sistema unicamente, esto es importante porq mudar los datos de HSQLDB a MySql es de por si como una idea general para crear una aplicacion mas fuerte, no seria mas factible restructurar la bd agregando la clasificacion de cada comercio y cualquier valor agregado a partir de aca generar una nueva aplicacion y una nueva bd en mysql que permital la exportacion a excel, el porque el centro de su problema radica en identificar la data de cada comercio relacionado, si esto no es posible dado que todo el sistema depende de una plataforma de servicios externa no hay inconveniente se migrara igualmente el respaldo de cada comersio por separado con aplicaciones locales para su futuro estudio espero haber colaborado, y de ser posible aclarar posibles fugas en el estudio del problema.